Ο ΟΠΕΚΕΠΕ εξέδωσε αναλυτικό εγχειρίδιο διαδικασιών ελέγχου αιρεσιμότητας για τη διαπίστωση της συμμόρφωσης των γεωργών που λαμβάνουν ενισχύσεις μέσω του Στρατηγικού Σχεδίου Κοινής Αγροτικής Πολιτικής (ΣΣ ΚΑΠ). Σκοπός των ελέγχων είναι να διαπιστωθεί αν οι γεωργοί τηρούν τις απαιτήσεις της Αιρεσιμότητας, οι οποίες αφορούν τα πρότυπα και τις υποχρεώσεις για τις εκμεταλλεύσεις τους.
Οι γεωργοί με εκμεταλλεύσεις κάτω από 10 εκτάρια ή αυτές που περιλαμβάνουν ζωικό κεφάλαιο εξαιρούνται από τους ελέγχους αιρεσιμότητας. Το δείγμα για τους επιτόπιους ελέγχους εξάγεται από τον ΟΠΕΚΕΠΕ και αφορά σε ελέγχους τόσο στο ζωικό όσο και στο φυτικό κεφάλαιο, καθώς και στις σχετικές υποδομές, όπως στάβλοι και αποθήκες. Ειδικότερα, ελέγχονται τα αγροτεμάχια που περιλαμβάνονται στην αίτηση του παραγωγού, με τουλάχιστον το 50% αυτών να πρέπει να πληρούν τις απαιτήσεις, ενώ σε περίπτωση παράβασης το δείγμα μπορεί να επεκταθεί στο 75% των σχετικών αγροτεμαχίων.
Οι έλεγχοι πραγματοποιούνται αιφνιδιαστικά, αλλά σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να δοθεί προειδοποίηση που δεν ξεπερνά τις 14 ημέρες. Όταν υπάρχουν ζώα στην εκμετάλλευση, η προειδοποίηση μπορεί να περιοριστεί στις 48 ώρες. Τα αγροτεμάχια που επιλέγονται για έλεγχο προέρχονται από περιοχές ειδικής σημασίας, όπως Natura 2000 ή περιοχές με ευαίσθητο περιβάλλον.
Κατά τη διάρκεια των ελέγχων, ο γεωργός ή ο εξουσιοδοτημένος εκπρόσωπος του πρέπει να είναι παρών και να διευκολύνει την πρόσβαση στους ελεγκτές, παρέχοντας τα απαραίτητα αρχεία και παραστατικά. Εάν διαπιστωθούν ευρήματα που σχετίζονται με παράβαση, ο γεωργός ερωτάται αν το αγροτεμάχιο ή το ζωικό κεφάλαιο έχει μεταβιβαστεί πρόσφατα και, εφόσον υπάρχει καταφατική απάντηση, γίνεται σχετική καταγραφή.
Μετά την ολοκλήρωση του ελέγχου, συντάσσεται πρακτικό ελέγχου το οποίο παραδίδεται στον γεωργό. Αν διαπιστωθούν παραβάσεις, ο γεωργός έχει τη δυνατότητα να υποβάλει ένσταση εντός 10 εργάσιμων ημερών. Οι υπάλληλοι που συμμετείχαν στον έλεγχο δεν επιτρέπεται να εξετάσουν την ένσταση. Επίσης, εάν απαιτηθούν εργαστηριακοί έλεγχοι, τα αποτελέσματα κοινοποιούνται στον ΟΠΕΚΕΠΕ και λαμβάνονται υπόψη για τυχόν κυρώσεις.
Η ενημέρωση του γεωργού σχετικά με τα αποτελέσματα του ελέγχου πρέπει να γίνει εντός τριών μηνών, και μπορεί να πραγματοποιηθεί μέσω ηλεκτρονικού ταχυδρομείου ή μέσω της «καρτέλας του αγρότη» στην πλατφόρμα του ΟΠΕΚΕΠΕ.